简介:
m6A即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上发生甲基化修饰(N6-methyladenosine,m6A)近几年是研究的热点。研究发现,m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰,m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译,以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。
分析内容:
1.数据预处理
数据预处理包括数据质控、参考基因组比对等等
2.识别甲基化富集峰
3.RNA甲基富集峰注释
4.RNA甲基化富集峰区域的在基因组中的分布
Dario F. De Jesus et al. nature metabolism(2019)
注:不同基因中RNA甲基化峰的分布
5.RNA甲基化位点Motif分析
Pengfei Li et al. Invest OphthalmolVisSci(2020)
6.差异RNA甲基化区域的识别及可视化
Dario F. De Jesus et al. nature metabolism(2019)
上图d 展示的是两组间基因m6A水平的热图,m6A水平越高则颜色越深;上图e 展示的是发生m6A修饰的基因跟没有发生m6A修饰的基因之间的基因表达水平的区别
7.差异甲基化区的对应基因的功能富集分析
Dario F. De Jesus et al. nature metabolism(2019)
注:m6A差异甲基化基因的GO分析
8.其他个性化分析内容(根据数据特点双方沟通决定)
参考文献:
[1]Pengfei Li et al.Identification and Characterization of N6-Methyladenosine CircRNAs and Methyltransferases in the Lens Epithelium Cells From Age-Related CataractInvest Ophthalmol Vis
Sci. 2020;61(10):13.
[2]Dario F. De Jesus et al.m6A mRNA methylation regulates human β-cell biology in physiological states and in type 2 diabetesNature Metabolism volume 1, pages765–774(2019)