简介:
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是近年来引起广泛关注的一种具有独特的调控功能的非编码RNA。lncRNA的长度在200nt以上,不编码蛋白,物种间保守性较差,有的序列结构与mRNA相似(含有polyA尾,存在可变剪切),有的则无这些特征。目前的研究对lncRNA的产生和功能机制尚未有明确的认识,但已有多种具有重要生物功能的lncRNA被发现。lncRNA转录组的分析主要涉及:新lncRNA预测,lncRNA差异筛选,lncRNA靶基因预测,ceRNA机制分析等等。
分析内容:
1. 标准信息分析
a) 测序数据评估;数据比对统计,测序饱和度分析,测序随机性的统计分 析,Reads在参考基因上的分布分析
b) 已知 lncRNA 的识别与注释
Danyang He etal.Neuron(2017)
c) 转录本重构与新lncRNA预测
基因组中存在一定的lncRNA并未被发现跟定义。转录本重构与新lncRNA预测在lncRNA分析中显得比较重要。这方面的分析我司做了改进
d) lncRNA 表达量的统计
Danyang He etal.Neuron(2017)
e) lncRNA差异分析
Danyang He etal.Neuron(2017)
f) lncRNA 家族分析
2.高级信息分析
a) lncRNA 位置分析
Danyang He etal.Neuron(2017)
b) lncRNA与编码蛋白基因共表达网络分析
Danyang He etal.Neuron(2017)
c) lncRNA调控基因富集分析
Danyang He etal.Neuron(2017)
d) 候选基因分析(某种表达模式基因或者非编码基因,或者转录因子,需指定)
e) 定制图表(可结合数据的特点双方沟通决定)
f) 定制个性化分析(可结合数据的特点双方沟通决定)
参考文献:
[1]Danyang He etal. lncRNA Functional Networks in Oligodendrocytes Reveal Stage-Specific Myelination Control by an lncOL1/Suz12 Complex in the CNS Neuron 93, 1–17, January 18, 2017