简介：

常规我们是以基因为单位，来筛选组间差异表达的基因。基因集差异分析是以基因群体为单位（比如一个GO分类或者pathway）, 计算基因集群在组间的差异性。该计算有多种方式，比如GSEA。以下以GSEA 为例。GSEA是将基因集中的基因按照在实验组与对照组样本中的差异表达赋予不同的权重，然后检验设定的基因集的基因表达变化对某一个基因集（功能或通路等）的影响是否具有显著性意义。

解读：

图中显示的是 GSEA 分析基因集后得到的 EnrichScore值分布。图上部的曲线表示动态 ES 值，最高点表示此基因集的 ES 值。

分析关键：

1）不同计算方式基于的原理不一样，计算结果也有所不同，如何结合使用。

---END---