介绍：

基因在生物体内并不是单独行使作用，而更多是跟其他基因一起协同发挥作用，最终完成相应的生物学功能。一个好的基因互作网络体现在：1.能更为真实的反应在某种状态下基因间的cross-talk; 2. 基因集群间的crosstalk 关系；3. 网络中重要基因的识别；

PPI demo:

Integrative Functional Genomic Analyses Implicate Specific Molecular Pathways and Circuits in Autism

说明：

上图中重要的节点反应的是生物学上比较重要的基因。

分析要点：

1.     很多方式构建的网络过于复杂，其中包含很多无效连接

2.     很多网络只展示了基因间的互作，并不能反应基因集群之间的crosstalk

3.     识别出的hub 基因很多都是别人研究过的，也就是说是一些明星分子

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