转录因子调控网络构建


简介:

转录因子是一群能与基因特别是5`端上游特定序列专一性结合从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。所以转录因子在基因表达调控过程中显得比较重要。目前分析转录因子及其结合的靶基因的方式主要有几种:1)单纯预测;2)数据库注释;3)实验数据来源(公共数据库或者自己的测序数据)。还可以再结合统计检验筛选转录因子及其结合的靶基因的关系。最终构建转录因子-靶基因的网络关系。

TF-target network demo:


上图中中间节点是TF,周边是TargetTarget按其功能分群展示。

分析关键:

如何获取更准确,可信的TF-target 的关系。

可视化形式:

网络图,motif图及其他个性化图

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