简介：

单细胞转录组测序（single cell RNA-seq, scRNA-seq），是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术，其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱，揭示复杂细胞群体的异质性，避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。目前常用的测序平台有10x Genomics以及BD Rhapsody，这两种方法一次能检测几万个细胞，单个细胞只能检测到几百到几千的基因。除此以外，还有Smart-Seq,这种方法单细胞获取方法比较麻烦，但是一次能检测的基因数目较多。不同的实验方式要求的数据处理方式也有所不同。

分析内容：

基本数据分析

1.  数据预处理

各个样本测序数据基本质控（reads数、测序饱和度等）、各个样本数据比对（细胞数目统计、reads基因组比对率等）、基因表达定量。

2.  细胞过滤和数据标化

利用基因组比对结果以及表达量结果对测序检测到的细胞进行过滤，去除细胞中基因检测数少、线粒体基因占比大的细胞，统计过滤后的细胞数量并得到对应的表达量矩阵表。采用数据标准化方法对不同样本中细胞基因表达量进行标准化，得到标准化后的表达量矩阵表。

3.  单细胞亚群分类注释与分类结果可视化